地球物理学家田所雄介博士（小林桂树饰）带领自己的团队前往深海科考，却发现海底出现异常龟裂与乱泥流，在一系列调查之后，他得出来日本列岛在一年后即将沉没的结论。可是日本政府的官员们却认为田所博士的预测只不值得相信的谎言。只有山本首相（石坂浩二饰）认识到事态的严重性，并且委任田所的前妻鹰森沙织（大地真央饰）为危机管理大臣，带领田所博士和他们的团队设法拯救日本。很快，从北海道开始，日本诸岛先生发生大规模的地质灾害，整个日本陷入一片恐慌。政府对于灾害束手无措，仅有的海外移居政策完全不能应对急剧恶化的态势，日本诸岛完

一同经历了最为艰苦的考验与试练，仙崎大辅（伊藤英明饰）与吉冈（佐藤隆太饰）这对生死搭档一同加入了由海猿精英组成的“特救队”，在生死苦海间穿梭往复，营救更多的生命。生活中，他们也各自收获着频繁而珍贵的幸福。大辅与爱妻环菜（加藤爱饰）共同抚育可爱的儿子大洋（大山连斗饰），憧憬美好未来；吉冈结识美丽空姐矢部美香（仲里依纱饰），沉浸在爱情的甜蜜之中。某天，美香搭乘的G-WING206航班引擎突然发生故障，时刻面临坠毁的危险。对策指挥部决定让飞机迫降东京湾实施救援，在有限的时间内，背负着三百多条人命的大辅和所有营救

2010年秋，世卫组织官员小林荣子（檀丽ReiDan饰）随队前往菲律宾扑灭禽流感，疫情很快得以控制，但仍有感染者私自离开疫区……次年，东京都的某家市立医院，医生松冈刚（妻夫木聪SatoshiTsumabuki饰）收治的一名高烧病人入院后情况急转直下，咳血而死，病人家属与部分医生亦因感染而病倒。同时，近郊一家养鸡场内检测出禽流感病毒，场主神苍及女儿（池肋千鹤ChizuruIkewaki饰）的平静生活被打破。小林荣子受命至此指导防疫，旧相识松冈担任其助手。疫情迅速扩散，一月之内病亡人数达到两千，各地出现恐慌，

筱原祐司（伊藤英明饰）曾经是一名消防员，如今，他和妻儿一起过着平静的生活，某日，祐司带着女儿外出游玩，在乘坐地铁的时候突然遇到了地道塌陷。原来，几天前的地震造成了气候的突变，海水升温，冰雹砸下，狂风肆虐，巨浪滔天，整个地下世界支离破碎，摇摇欲坠。除了祐司和女儿，还有另外三人被困在了地下，没有人知道这无人的存在，亦没有人知道他们的命运来到了生死存亡的紧要关头。祐司使用了消防队通用的信号——252信号，这代表着依然有幸存者还在苦苦挣扎。静马（内野圣阳饰）是祐司的哥哥，同时也是一名消防员，他带着队员们前往塌陷处

1995年8月8日，锦重工业小牧工厂航空事业总部为日本防卫厅研发的最新型直升机“BigB”即将试飞。该项目的重要参与者汤原一彰（江口洋介饰）带着妻儿早早来到试飞场，准备见证这一激动人心的时刻。试飞前一段时间，汤原的儿子高彦（田口翔大饰）登上直升机，而就在此时没有驾驶员BigB突然启动，带着男孩飞向空中，并最终悬停在新阳核电站上空。此后不久，自称“天空之蜂”的神秘人发出公告，要求立即废除全国的核电厂，否则将使BigB燃料耗尽后坠落在核反应堆中。时间一分一秒流逝，相关人士展开了对高彦的救援行动，而核电站的安危

影片为庆祝哥斯拉诞生70周年的纪念作品，也是东宝第30部哥斯拉大作。故事设定在二战后的日本，哥斯拉的出现仿佛要给已经变得一无所有（归0）的日本再添一击，将这个国家打到负值（负1.0）。